Pemain dan partner mencapai pintu masuk serikat dan Partner mengumpulkan keberanian mereka dan mendekati pintu masuk. Suara dari sebelumnya mengidentifikasi partner dan memungkinkan mereka untuk masuk. Suara itu juga meminta Pemain untuk berdiri di atas jeruji yang menutupi lubang di pintu masuk dan tidak dapat mengidentifikasi mereka. Suara itu terungkap berasal dari Diglett yang kesulitan mengidentifikasi Player, tetapi akhirnya membiarkan mereka masuk juga. Keduanya memasuki guild dan turun ke lantai bawah tanah di mana mereka melihat beberapa tim eksplorasi dan bertemu dengan Chatot, Pokémon tangan kanan dari Guildmaster, Wigglytuff. Partner memberi tahu Chatot bahwa mereka ingin membentuk tim eksplorasi dan Chatot membawa mereka ke tingkat bawah tanah kedua tempat para pekerja magang bekerja. Sebelum membawa mereka menemui Guildmaster, Chatot memperingatkan keduanya untuk tidak bersikap kasar padanya. Chatot menyajikan keduanya untuk Wigglytuff yang setuju untuk membiarkan mereka menjadi magang dan meminta mereka untuk membuat nama tim. Setelah membuat nama tim (Team Poképal default) Wigglytuff mendaftarkan keduanya sebagai tim eksplorasi resmi dan memberi mereka Kit Tim Eksplorasi Pokémon dengan Lencana Penjelajah untuk identifikasi tim, Peta Ajaib untuk dinavigasi, dan Tas Harta Karun untuk menyimpan item.
Chatot menunjukkan keduanya ke kamar mereka dan menjelaskan bahwa pelatihan mereka akan dimulai besok. Malam itu, Partner mengungkapkan kegembiraannya kepada Pemain tentang menjadi tim eksplorasi sebelum tidur. Sementara itu, Pemain merenungkan situasi, kehilangan ingatan mereka, dan transformasi mereka menjadi Pokemon sebelum mengesampingkan pikiran itu dan pergi tidur.
Keesokan paginya, keduanya menerima kebangkitan kasar dan keras dari Loudred, sesama magang, dan pergi pengarahan pagi. Dengan semua orang yang hadir, Chatot memanggil Wigglytuff, hanya agar dia setengah tertidur. Semua orang menyemangati moto Persekutuan mereka dan mulai bekerja sementara Chatot mengajari keduanya tentang permintaan dari Papan Buletin Pekerjaan. Chatot mengungkapkan bahwa semakin banyak Pokémon jahat yang muncul, Partner menduga ini karena aliran waktu sedang kacau. Pemain terkejut mendengar ini, tetapi sebelum mereka dapat memikirkannya lebih lanjut, Chatot melanjutkan pelajarannya. Chatot mengkonfirmasi bahwa Partner benar dan karena meningkatnya insiden, lebih banyak pekerjaan telah muncul serta Ruang Bawah Tanah Misteri. Partner menjelaskan bahwa Mystery Dungeon"s adalah tempat misterius di mana harta karun ditemukan. Chatot menugaskan keduanya untuk membantu memulihkan mutiara berharga Spoink dari Drenched Bluff. Partner kesal karena mereka diberi pekerjaan kecil, tetapi Chatot menempatkan mereka di tempat mereka dan memperingatkan bahaya Ruang Bawah Tanah Misteri. Keduanya berjalan ke Drenched Bluff dan mengambil mutiara dari kedalaman. Kembali ke guild, Spoink bersyukur karena mutiaranya dikembalikan dan menghadiahi keduanya dengan item power up dan uang. Namun, Chatot mengungkapkan bahwa sebagian besar uang dari pekerjaan masuk ke guild dan keduanya hanya dapat menyimpan 10% dari uang yang membuat Partner kecewa.
Alur Cerita "Chapter 2 - The New Guilt Recruit" dalam game Pokemon Mystery Dungeon Explorers of Time
